黄藻是一种生长于湿地的藻类植物，在水质和温度适宜的情况下能迅速生长，覆盖水面，对水生植物、鸟类和鱼类等造成危害。2008年5月，乌梁素海出现了大面积黄藻，面积达到8万多亩，使乌梁素海核心区域水面被覆盖，引起水体污染，湖区野生鸟类栖息生存受到极大威胁。为此，巴彦淖尔市立即筹集近千万元资金进行综合治理，至2008年8月底，乌梁素海上的黄藻基本清除。
2009年，为了防止乌梁素海再次发生大面积黄藻，巴彦淖尔市启动了应急监测工作。针对目前乌梁素海局部区域出现黄藻污染现象，巴彦淖尔市环保部门正积极采取措施，预防黄藻大面积暴发。
乌梁素海是内蒙古西部最大的淡水湖泊，也是我国八大淡水湖之一，还是地球上同一纬度地区最大的一块湿地，总面积44万亩，其中明水面积20多万亩。