本会议主题为全球变化与淡水环境，包括四个专题，分别为：全球变化及其影响、藻类水华与水质、淡水生态与水体保护、人类活动的影响与水体修复。本次研讨会旨在促进湖沼学理论的发展及其在社会经济发展中的应用，探讨如何应对全球变化背景下水环境治理与修复等方面的挑战，这是国际湖沼学会第一次在中国举办学术研讨会。
开幕式上，中国科学院国际合作局副局长曹京华首先代表中国科学院对国际湖沼学会2009年学术研讨会的顺利召开表示热烈祝贺，向与会的中外嘉宾介绍了中科院的历史以及中科院对国际学术合作的支持与鼓励。江苏省科技厅副厅长夏冰向与会者介绍了江苏湖泊研究的现状及存在的问题，希望能与国际湖沼学会加强交流与合作，共同推动江苏淡水资源的保护和管理。国际湖沼学会主席Brain Moss博士以及会议学术委员会主席、国际湖沼学会前主席、中国科学院爱因斯坦讲席教授Gene E. Likens博士也了热情洋溢的发言。最后，南京地理与湖泊研究所党委书记、副所长沈吉致欢迎词，对与会的各位领导和专家表示了衷心的感谢和热烈的欢迎。
Likens和丹麦学者Erik Jeppesen分别作了Water: A challenging interface between scientific understanding and policy和Shallow lake dynamics and restoration in a climate change perspective的大会报告。随后，148位不同领域的专家和学生分别以口头报告和墙报的形式就全球变化对淡水生态系统的影响进行了介绍和探讨。会议期间，参会人员对太湖湖泊生态系统研究站和科技部支撑项目“水源地取水口蓝藻水华削减与水质改善技术研究及示范”－生态修复试验区进行了考察。
在闭幕式上，学术委员会主席Likens感谢中国科学院南京地理与湖泊研究所成功地举办了这次会议，同时希望中国的湖沼学能有更大的发展。此次大会为了鼓励中国年青学生投身于湖沼学的研究，特为青年学生设立了5个口头报告和6个墙报优秀奖，Aquatic Ecology主编Ramesh D. Gulati教授为获奖学生颁发了证书。
此次会议对推动国内湖沼学研究、加强与国际湖沼学会的联系以及与国外相关学者的合作起到了积极的作用。